（一）增加一线教师的工作负担
许多教师虽然了解行动研究、教学创新的重要性，但教师在教学时需准备教材、设计课程、设计评鉴与批改作业等，此外有些人尚需负荷庞杂的行政工作，要抽出时间来观察、记录、讨论有其困难，因此从事研究的意愿低落。
此外，在教学情境中，教师通常依赖直觉或过去习惯的处理方式，以迅速解决教学现场的问题。等教师后来有时间回想时，通常已记忆模糊，这也使得老师收集资料需花费更多心力。
（二）资料公开困难
教师在做研究时通常会收集质性资料。然而，不论是学生的学习记录或是教师与同事之间的谈话资料，都是一种“公开的秘密”，当事者不一定同意自己的私事被暴露在公众之前。

（三）研究者的同事感觉被侵犯
当教师在做行动研究时，会有很多机会与其他的教师一同讨论教学上的问题。
（四）研究者不够自主，过度依赖专家
大部分的教师在从事行动研究时都会需要外来的专家学者参与教育行动小组，并扮演一个“促进者”（facilitator)的角色。
（五）外部支援不足
1.行政方面
学校没有营造适合教师从事行动研究所需的氛围。教育主管担心老师可能因从事研究而在教学上分心，间接影响到学生的成绩，因此多半不鼓励教师从事研究。
2.学术界方面
行动研究由教师来做，方法不够严谨，研究报告所呈现出来的知识缺乏学术认同，所以霍奇金森将教育行动研究视为“常识途径”，而非“科学途径”。
（六）研究成果过于微观，并难以推广运用至其他情况
行动研究的特点是能针对实际的、特定的小范围问题进行深入思考与研究，但研究是配合某位研究者的气质、专长和经验所设计出来的，其结果并不见得适用于其他相同科目的教师身上。