（1）承包人应在每个付款周期末，按监理人批准的格式和专用合同条款约定的份数，向监理人提交进度付款申请单，并附相应的支持性证明文件。（选项A正确）
（2）监理人在收到承包人进度付款申请单以及相应的支持性证明文件后的14天内完成核査，提出发包人到期应支付给承包人的金额以及相应的支持性材料，经发包人审查同意后，由监理人向承包人出具经发包人签认的进度付款证书。（应该是14天，选项B错误）
（3）监理人出具进度付款证书，不应视为监理人已同意、批准或接受了承包人完成的该部分工作。（选项C正确）
（4）监理人有权扣发承包人未能按照合同要求履行任何工作或义务的相应金额。（选项D错误）
（5）发包人应在监理人收到进度付款申请单后的28天内，将进度应付款支付给承包人。发包人不按期支付的，按专用合同条款的约定支付逾期付款违约金。（选项E正确）