2004年宪法修正案在国家机构方面的修改主要有：

第一，完善全国人民代表大会组成的规定。宪法修正案在《宪法》第59条第1款关于全国人民代表大会组成的规定中增加了“特别行政区”，符合全国人民代表大会组成的实际情况。故选D项。

第二，关于紧急状态的规定。《宪法》原来只对“戒严”作了规定，没有规定“紧急状态”。而“紧急状态”包括“戒严”又不限于“戒严”，适用范围更宽。修正案将“戒严”改为“紧急状态”，既便于应对各种紧急状态，也同国际上通行的做法相一致。

第三，关于国家主席职权的规定。修改为“中华人民共和国主席代表中华人民共和国，进行国事活动，接受外国使节”，实际上是扩大了国家主席的宪法职权。

第四，修改乡镇政权任期的规定。2004年宪法修正案把乡、镇人大的任期由3年改为5年，各级人大任期一致，有利于协调各级经济社会发展规划、计划和人事安排。