第一步：找出论点和论据。
论点：只有实行经理任期目标责任制，才能使甲公司经济效益稳步增长。
论据：甲航运公司实行了经理任期目标责任制之后，公司的经济效益也随之逐年上升。
第二步：逐一分析选项。
A.该项指出整个航运行业形势好，可能是因为整个航运形势好，使得甲公司经济效益增长，是他因削弱，可以削弱，保留；
B.该项讨论的是“乙航运公司”，与题干讨论的甲航运公司无关，为无关选项，无法削弱，排除； 
C.该项指出前年甲公司也实行了职工薪酬管理制度改革，调动了公司员工积极性，可能是因为员工积极性高了，使得甲公司经济效益增长，是他因削弱，可以削弱，保留；
D.该项指出“甲航运公司没有实行任期目标责任制，经济效益会增长得更快”，题干论点说“只有实行经理任期目标责任制，才能使甲公司经济效益稳步增长”，D项是论点的矛盾命题，直接削弱论点，保留。 

对比A、C、D三项，D项削弱论点力度最强，大于A、C项的他因削弱。
故正确答案为D。