第一步：找到论点论据。

论点：分子内包含大量原子是使得该物质拥有极强的导热性所必不可少的。

论据：X分子具有Y结构，串联起了大量的原子，由该分子组成的某种物质在同类型的物质中具有很强的导热性。

第二步：逐一分析选项。

A选项：有别的结构的大量原子的物质有很强的导热性，说明无论结构如何，只要有大量原子就有好的导热性，支持了论点，排除； 

B选项：表明有大量原子但是导热性不强，题干说的是有原子导热性强，通过对比论证的方式，说明原子与导热性是否强之间不存在必然的联系，是对论证的削弱； 

C选项：导热性强但不具备Y结构，讨论的是导热性与Y结构之间的关系，题干讨论的是导热性与原子之间的关系，所以不能对题干削弱，排除； 

D选项：说的是导热性与结构之间的关系，而题干讨论的是导热性与原子之间的关系，论题不一致，排除； 故正确答案为B。