A项：《中华人民共和国电子商务法》由中华人民共和国第十三届全国人民代表大会常务委员会第五次会议于2018年8月31日通过。本法第八十九条规定： “本法自2019年1月1日起施行。”不符合题意，排除。
B项：《中华人民共和国土壤污染防治法》由中华人民共和国第十三届全国人民代表大会常务委员会第五次会议于2018年8月31日通过。本法第九十九条规定：“本法自2019年1月1日起施行。”不符合题意，排除。
C项：《中华人民共和国公务员法》由中华人民共和国第十三届全国人民代表大会常务委员会第七次会议于2018年12月29日修订通过。本法第一百一十三条规定： “本法自2019年6月1日起施行。”符合题意，当选。
D项：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》是国务院发布的法规，2018年12月18日中华人民共和国国务院令第707号第四次修订通过。本法第三十六条规定: “本条例自2019年1月1日起施行。”不符合题意，排除。
本题为选非题，故正确答案为C。