​A项，根据《农民专业合作社登记管理条例》的规定，工商行政管理部门是农民专业合作社登记机关。国务院工商行政管理部门负责全国的农民专业合作社登记管理工作。因此该项说法错误。 

B项，根据《村民委员会组织法》的规定，征地补偿费的使用、分配方案，经村民会议讨论决定方可办理。因此该项说法正确。
C项，《中共中央国务院关于深入推进农业供给侧结构性改革加快培育农业农村发展新动能的若干意见》中明确提出“推进农业供给侧结构性改革是一个长期过程”“坚持新发展理念，协调推进农业现代化与新型城镇化，以推进农业供给侧结构性改革为主线”。据此可知，深入推进农业供给侧结构性改革是当前和今后一个时期农业农村工作的主线，因此该项说法正确。
D项，根据《村民委员会组织法》的规定，村民委员会或者村民委员会成员作出的决定侵害村民合法权益的，受侵害的村民可以申请人民法院予以撤销，责任人依法承担法律责任。因此该项说法正确。
本题为选非题，因此A项当选。