（1）1900年，俄国入侵中国东北时，制造了江东六十四屯惨案，数千中国居民遇难。（B正确）

（2）A项：1894年11月，日军占领旅顺后，连续4天屠杀中国居民约2万人，制造了骇人听闻的旅顺大屠杀惨案。

（3）C项：1937年12月13日（学术界认为开始于12月5日 ）南京沦陷后，侵华日军于南京及附近地区进行长达6周的有组织、有计划、有预谋的大屠杀和奸淫、放火、抢劫等血腥暴行，遇难人数超过30万。

（4）D项：日军于1928年5月3日派兵侵入中国政府所设的山东交涉署，将交涉署职员全部杀害，并进攻国民革命军驻地、在济南城内肆意焚掠屠杀。

故答案为B。