（1）收入差距不断拉大。1978年以来中国经济转型在使经济实现较快增长的同时，收入分配的结构失衡问题却日益严重，主要表现为：地区收入差距明显；居民收入差距加大；城乡收入差距不断拉大。
（2）需求结构严重失衡。根据国民收入核算体系，消费、投资与净出口是社会总需求的最重要组成部分，一国经济发展依赖于国内需求和国外需求的平衡发展。但改革开放以来，中国经济发展一直存在着消费增长乏力的问题，最终消费率在20世纪90年代开始呈现下降的趋势。经济增长过分依赖于投资和出口，显然会加大国民经济的波动。
（3）产业结构发展滞后。中国第三产业发展的滞后，一方面当然反映了中国在国际产业分工中的地位，另一方面也与我国长期以来所实施的经济发展战略有很大关联，特别是计划经济时期的重工业优先发展战略。
（4）资源环境压力不断加大。中国经济转型的过程也是工业化、城镇化快速推进的过程，这使中国迅速地从农业社会向工业社会发展，目前已成为世界最重要的制造业基地。但由于中国的工业化总体上是以高投资、高资源消耗为支撑，因而对资源环境造成了巨大的压力。
（5）金融发展相对滞后。与其他发展中国家类似，面对日趋开放的国际金融市场，中国目前金融体系还相当脆弱，面对规模巨大的贸易和跨国资本流动，中国的资本市场运行、货币政策、人民币汇率、外汇储备管理等正面临越来越大的挑战。
（6）政府间财政关系失衡。中共十一届三中全会以来，针对过去高度集中的统收统支管理体制的弊端，中央从下放财权和财力入手，进行了以分权化为主要特征的财政分配体制改革，调动了地方促进经济发展的积极性，是改革以来中国经济快速增长的重要驱动力量。但在中国经济转型过程中，政治间的财权上收和事权下放，也恶化了落后地区政府的财政状况，导致地区间横向财政失衡。