连锁企业管理信息系统包括下面三个层次：
（1）作业层。作业层信息系统的主要职能是通过计算机技术代替部分手工操作，完成基本数据的采集。它主要从事日常事务性工作处理、报表处理和查询处理。它是整个信息化战略的基石，没有解决好这一层次的信息化，就不能得到准确的数据、丰富的信息，更谈不上更深入的管理和分析。

（2）管理层。管理层信息系统主要是通过对基层采集的数据进行统计分析与对比，根据总部的经营方针，对连锁企业的人事、财务、库存、合同、销售、仓储等方面进行组织管理和微观控制。

（3）决策层。决策层信息系统利用所获得的各类数据，运用模型库和方法库中的各种模型和方法，挖掘各种信息和规律，辅助决策者预测未来市场的变化趋势，制定正确的发展方向和策略。