1、万历本的回目比较粗糙，也不对仗;崇祯本经整理已经对仗工整。
2、万历本回目之后有“词曰“、“诗曰”，“且听下回分解”;崇祯本删去了大量诗词，不用“下回分解”。
3、万历本有欣欣子的序和开场词，崇祯本则无。
4、万历本第一回从“景阳岗武松打虎，潘金莲嫌夫卖风月”写起;崇祯本则以“西门庆热结十兄弟，武二郎冷遇亲哥嫂”开端，直接让西门庆以主人公身份出场。
5、万历本第八十四回写吴月娘遭王矮虎所劫，被宋江义释;崇祯本则无。两本的第五十三回，第五十四回也不同，部分情节小有改动，如第二十四回万历本写来旺夜间主动为家主捉贼，崇祯本则是西门庆夜唤宋蕙莲，来旺怒从心起，直入花园，被当做贼人捉去。
6、万历本中的许多方言被或删或改。