（一） 普通司法机关
大体上继续沿用晚清所确立的近代司法体制，实行四级三审制和审检合署等。普通司法机关包括：初级审判厅、地方审判厅、高等审判厅和大理院，这些机关的权限、设置与晚清时期大致相同。  

（二）特别司法机关
（1）兼理司法机关即北洋政府时期由地方行政长官兼管的审判机关。
（2）军事审判机关分为高等军法会审、军法会审和临时军法会审三种。会审对象以军人为主。
（3）平政院：北洋政府时期设置的从事行政审判和行政监察的机关，1914年起设置。为中国历史上首次设置的具有行政审判职能的机构。平政院设院长和评事，均由大总统任命。平政院下设三个庭，地方不设分支机构