元朝中央司法机关主要有刑部、大宗正府、御史台和宣政院，这些机构的长官都由蒙古族人担任。

刑部是仿照唐宋制度建立的机构，职责是掌管全国“刑名法律之政令”及冤、假、错案的复审和死刑的复核、录囚等， 加重了刑部的权力。
大宗正府是从蒙古初期掌管行政的“札鲁忽赤”演变而来的机构，与中枢省、枢密院并列，专门负责审理蒙古、色目人和宗室的案件，不受御史台监察，是蒙古王公贵族垄断的特权审判机构。
宣政院是一个与世俗权力机关并行的宗教权力机构，是主持全国的宗教管理和宗教审判的最高机关，掌管僧人僧官的刑民案件，长官由帝师担任。