矩阵型组织在兼顾两种组织的优点的同时，又因为项目单位与职能单位的这种交叉导致冲突不断，协调难度加剧，主要缺点有：
（1）由于项目权力和责任由职能经理与项目经理共同承担，当项目取得成绩时，容易出现争名夺利的现象；当项目受挫时，也会相互推卸责任。
（2）由于项目经理所控制的资源都必须通过职能经理提供，职能经理为多个项目提供资源时，容易因优先顺序的安排与项目经理产生冲突，也会引起不同项目经理间的明争暗斗，为了项目利益而忽视公司的整体利益。
（3）项目成员在项目工作中要服从项目经理的领导，同时也要听从职能经理的安排，其绩效考核及任用、解雇的权力仍留在职能经理手中。当两位领导指令不统一时，这种双重领导的局面往往让员工无所适从，容易引发冲突。