《侵权责任法》第91条规定，在公共场所或者道路上挖坑、修缮安装地下设施等，没有设置明显标志和采取安全措施造成他人损害的，施工人应当承担侵权责任。在公共场所或者道路上施工，应当设置明显标志和采取安全措施，包括以下几个方面的内容：

一，设置的警示标志必须具有明显性。

二，施工人要保证警示标志的稳固并负责对其进行维护，使警示标志持续地存在于施工期间。

三，仅设置明显的标志不足以保障他人的安全的，施工人还应当采取其他有效的安全措施。
因此，虽然市政公司在挖掘的坑道两侧设置了障碍物和夜间警示灯，但因为被甲撞毁后没有及时进行修复和维修而致使他人发生伤亡，该损害赔偿责任应由市政公司承担。