1、1999年宪法修正案的主要内容有：

(1)将邓小平理论写入宪法序言。即明确把“我国将长期处于社会主义初级阶段”、“沿着建设有中国特色社会主义的道路”、在“邓小平理论指引下”、“发展社会主义市场经济”写进宪法。

(2)总纲中明确规定“中华人民共和国实行依法治国，建设社会主义法治国家”。

(3)增加规定“国家在社会主义初级阶段，坚持公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，坚持按劳分配为主体、多种分配方式并存的分配制度”。

(4)增加规定“农村集体经济组织实行家庭承包责任制为主、统分结合的双层经营体制”。

(5)将国家对个体经济和私营经济的基本政策合并修改为“在法律规定范围内的个体经济、私营经济等非公有制经济，是社会主义市场经济的重要组成部分”“国家保护个体经济、私营经济的合法的权利和利益。国家对个体经济、私营经济实行引导、监督和管理”。

(6)将镇压“反革命活动”修改为镇压“危害国家安全的犯罪活动”。

2、可见，C项表述属于1999年宪法修正案的内容。A项表述属于1988年宪法修正案的内容。B、D项表述属于2004年宪法修正案的内容。