在没有通过《法院组织法》之前，南京国民政府仿照北洋政府实行四级三审制，但1935年《法院组织法》通过之后，南京国民政府仿照德国、日本等国家实行三级三审制。可见，A项表述错误，选A项。

南京国民政府最高法院审理的上诉案件，进行法律审，即仅仅审查法律适用是否正确，而不进行事实审理。可见，B项表述错误，选B项。

南京国民政府监督检察院工作的机构是司法行政部(隶属于司法院，后转归行政院)，而不是法院。可见，C项表述错误，选C项。

南京国民政府实行审检合署，检察院设置于法院之内，D项表述正确。