A选项，邓小平理论是中国特色社会主义理论体系的开篇之作，改革开放和社会主义现代化建设的科学指南，排除。 

B选项，“三个代表”重要思想是加强和改进党的建设，推进中国特色社会主义事业的强大理论武器，排除。 

C选项，科学发展观是发展中国特色社会主义必须长期坚持的指导思想，排除。 

D选项，习近平新时代中国特色社会主义思想是新时代党和人民共同奋斗的精神旗帜，符合题意。

故正确答案为：D。