A选项，党的十三大第一次比较系统地论述了我国社会主义初级阶段理论，排除。

B选项，党的十四大报告明确指出邓小平是我国社会主义改革开放和现代化建设的总设计师，排除。 

C选项，党的十五大郑重地把邓小平理论同马克思列宁主义、毛泽东思想一起确立为党的指导思想并写入党章，排除。 

D选项，党的十六大将“三个代表”重要思想与马克思列宁主义、毛泽东思想和邓小平理论一道确立为党必须长期坚持的指导思想，并写入党章，符合题意。 

故正确答案为：D。