以危险方法危害公共安全罪指使用与放火、投放危险物质、决水、爆炸方法的危险性相当的其他危险方法，危害公共安全的行为。甲的行为应以以危险方法危害公共安全罪论处，理由在于：
（1）甲以盗窃为目的失火烧毁了物资及附近建筑，造成了巨大损失，甲的行为构成盗窃罪（未遂）、失火罪和以危险方法危害公共安全罪的想象竞合犯，应择一重罪论处，即应以以危险方法危害公共安全罪论处。
（2）甲以点火的方式盗窃，点火焚烧行为表现为过失的主观心态，但其点火焚烧造成物资及附近建筑的巨大损失，其主观心态表现为间接故意，甲使用的方法的危险性足以与放火方法的危险性相当，因此应以以危险方法危害公共安全罪论处。可见，选D项。