1、某法院在审理一起网络侵权案件时，采纳了司法鉴定机构提供的鉴定意见，这体现的是以事实为根据、以法律为准绳的司法原则。
2、以事实为根据的“事实”包括被合法证据证明了的事实和依法推定的事实。前一种事实属于客观事实的范围，它是已经被具有证明力的、合法的证据所确定的事实。后一种事实是在案件客观事实真相无法查明的情况下，依照法律中有关举证责任和法律原则推定的事实。
3、本题表述中，司法鉴定机构出具的鉴定意见属于被合法证据证明了的事实，当然属于以事实为根据。可见，选D项。