2003年5月，某省甲种子公司与乙种子公司签订合同，约定由甲公司代乙公司培育玉米种子。因玉米种子的市场价格上涨，甲公司不愿按原合同价履约。2004年初，乙公司将甲公司诉至A市中级人民法院。
在诉讼过程中，两公司因赔偿价格的标准及依据问题争执不下。一方主张适用该省人大1989年制定的《农作物种子管理条例》(简称《条例》)，该条例规定有关价格的争议应当适用政府指导价。另一方主张适用全国人大常委会2000年制定的《中华人民共和国种子法》(简称《种子法》)，该法律规定有关价格的争议应当适用市场价。
请根据上述材料，运用相关法理学知识，回答下列问题：