A项正确，在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。《香港特别行政区基本法》、《澳门特别行政区基本法》由全国人大制定。
B项正确，香港特别行政区、澳门特别行政区行政长官在当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命。
C项正确，中央人民政府负责管理与香港特别行政区、澳门特别行政区有关的外交事务。
D项正确，特别行政区的立法机关依据基本法的规定，有权制定适用于特别行政区的法律。特别行政区的立法机关制定的法律须报全国人民代表大会常务委员会备案。备案不影响该法律的生效。
故正确答案为ABCD。