本题考查宪法修正案的内容，属于记忆题。1999年宪法修正案是1999年3月15日第九届全国人大第二次会议通过的。包括：

（1）将“邓小平理论”写进宪法序言，与马克思列宁主义、毛泽东思想一起，成为指引我国社会主义现代化建设的旗帜；

（2）明确中华人民共和国实行依法治国，建设社会主义法治国家；

（3）明确我国将长期处于社会主义初级阶段，确立了我国社会主义初级阶段的基本经济制度和分配制度；

（4）修改了我国的农村生产经营制度；

（5）确立了非公有制经济在社会主义市场经济中的地位；

（6）将宪法第28条“反革命的活动”修改为“危害国家安全的犯罪活动”。

因此本题选C项。