第一空，分析可知横线处为对“真空”的具体解释说明，且与后文“充斥着大量的粒子”形成反义并列关系。A项“一无所有”和D项“空无一物”都可以与“真空”对应且与后文语义相反，符合语境。B项“空谷幽香”比喻人品高雅，与文段语义无关，排除；C项“熙熙攘攘”形容人来人往，非常热闹拥挤，无法与“真空”形成对应，排除。
第二个空，形容粒子产生的刹那又消失，对比选项，D项“湮灭”除了指埋没、磨灭、消失以外，还可指物理上一种基本粒子和它的反粒子相遇时，两个粒子一起‘消失’而转化为他种粒子的现象，符合文段语义，当选。A项“淹没”指大水漫过，比如“洪水淹没了村庄”，无法形容文段中的物理现象，排除。 

故正确答案为D。