持有至到期投资的实质性程序通常包括：（1）获取持有至到期投资明细表，复核加计是否正确，并与总账数和明细账合计数核对相符；获取持有至到期投资对账单，与明细账核对，并检查其会计处理是否正确。（2）检查库存持有至到期投资，并与账面余额进行核对，如有差异，应查明原因，并作出记录或进行适当调整。（3）向相关金融机构发函询证持有至到期投资期末数量，并记录函证过程。取得回函时应检查相关签章是否符合要求。（4）对期末结存的持有至到期投资资产，核实被审计单位持有的目的和能力，检查本科目核算范围是否恰当。（5）抽取持有至到期投资增加的记账凭证，注意其原始凭证是否完整合法，成本、交易费用和相关利息的会计处理是否符合规定。（6）根据相关资料，确定债券投资的计息类型，结合投资收益科目，复核计算利息采用的利率是否恰当，相关会计处理是否正确，检查持有至到期投资持有期间收到利息的会计处理是否正确。检查债券投资票面利率和实际 利率有较大差异时，被审计单位采用的利率及其计算方法是否正确。（7）检查当持有目的改变时，持有至到期投资划转为可供出售金融资产的会计处理是否正确。