往来款项的清查一般采用发函询证的方法进行核对。

1)实地盘点法。通过点数、过磅、量尺等方法来确定实物资产的实有数量。

2)技术推算法。利用一定的技术方法对财产物资的实存数进行推算，故又称估推法。采用这种方法，对于财产物资不是逐一清点计数，而是通过量方、计尺等技术推算财产物资的结存数量。

3）核对账目法。银行存款的清查是采用与开户银行核对账目的方法进行的，即将本单位银行存款日 记账的账簿记录与开户银行转来的对账单逐笔进行核对，查明银行存款的实有数额。

故本题选D。