选项A，影响税率的因素是船舶净吨位、执照期限。吨税按照船舶净吨位和吨税执照期限征收。

选项B，①中华人民共和国国籍的应税船舶②船籍国（地区）与中华人民共和国签订含有相互给予船舶税费最惠国待遇条款的条约或者协定的应税船舶，适用优惠税率。其他应税船舶，适用普通税率。

选项C，吨税纳税义务发生时间为应税船舶进入港口的当日。

选项D，应当是3年内以书面形式要求海关退还多缴的税款，并加算银行同期活期存款利息。