本题考查非货币性资产投资企业所得税的处理。被投资企业取得非货币性资产的计税基础，应按非货币性资产的公允价值确定，选项A错误。居民企业以非货币性资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税，选项B错误。企业以非货币性资产对外投资，应于投资协议生效并办理股权登记手续时，确认非货币性资产转让收入的实现，选项C错误。居民企业以非货币性资产对外投资，应对非货币性资产进行评估并按评估后的公允价值扣除计税基础后的余额，计算确认非货币性资产转让所得，选项D正确。