食品加工厂将自产啤酒用于生产熟食制品，属于将自产的应税消费品用来加工生产非应税消费品，消费税需要视同销售，但是增值税不视同销售，所以仅缴纳消费税，选项A错误。百货公司零售金基首饰，金基首饰是在零售环节缴纳消费税，同时也要缴纳增值税，选项B正确。连锁超市零售卷烟，卷烟于“生产”“批发”环节缴纳消费税，故该选项所述行为仅缴纳增值税，选项C错误。4S店销售大型商用客车，消费税税目“小汽车”下有“乘用车”“中轻型商用客车”“超豪华小汽车”三类子税目，选项D所述“大型商用客车”不属于消费税征税范围，故该选项所述行为仅缴纳增值税，选项D错误。