增值税合法扣税凭证包括：增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）（选项A正确）；海关进口增值税专用缴款书（选项B正确）；农产品收购发票；农产品销售发票（选项C正确）；代扣代缴税款的完税凭证；符合规定的国内旅客运输发票（含增值税电子普通发票，注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单，注明旅客身份信息的铁路车票，注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票，D选项由于未注明旅客身份信息故不符合题干要求）。